Mephiles, który w międzyczasie znalazł żółty Szmaragd Chaosu, próbuje przekonać Shadowa, że nie powinien pomagać ludziom, skoro i tak go zdradzą. Shadow zdejmuje swoje pierścienie ujawniając drzemiącą w nim moc (podobnie jak uczynił w Sonic Adventure 2 oraz Sonic X) i pokonuje Mephilesa oraz jego klony. Wyjaśnia mu następnie, że mimo wszystko wierzy w ludzi i dlaczego nie zmieni swych postanowień„Jeśli ludzie uznają mnie za wroga, będę walczyć, tak jak zawsze. Sam ustalam swój los...”, po czym próbuje go zamknąć w berle ciemności. Drużyna CIEMNOŚCI składa się z 3 bohaterów: Shadowa, Rouge i Omegi (podobnie jak w Sonic Heroes).
Silver Silver jest przybyszem z innego wymiaru, prawdopodobnie tego samego, co kotka Blaze, jego najlepsza przyjaciółka. Jego rodzinne miasto, Crisis City (Kryzys), zostaje zaatakowane przez Iblisa. Wraz z Blaze stara się on codziennie odpierać ataki i stawiać czoła płomieniom klęski wywoływanymi przez potwora, jednak oboje są świadomi, że nie będą w stanie długo opierać się monstrum. Silver potrzebuje nadziei, którą daje mu tajemniczy jeż Mephiles, łudząco podobny do Shadowa.