Shadow odnajduje Sonica, który walczy z Silverem. Następnie sam staje do walki z białym jeżem i wygrywa dzięki kontroli chaosu. Silver, który nie może zaakceptować porażki, sam używa kontroli chaosu, która wywołuje portal czasoprzestrzenny. Korzystając ze sposobności Shadow proponuje Silverowi przeniesienie się w przeszłość, aby ten mógł dowiedzieć się, jaki jest związek między Mephilesem a Iblisem. Obaj cofają się o 10 lat w sam środek wydarzeń przed wypadkiem Projektu „Solaris”. Obserwują porażkę eksperymentu oraz narodziny Mephilesa i Iblisa. Książę Soleanny przekazuje im ostatkiem sił, że demony muszą zostać uwięzione, co bohaterowie niezwłocznie czynią. Po powrocie do teraźniejszości Shadow tworzy plan uwięzienia Mephilesa.
W międzyczasie Omega ponownie pokonuje Mephilesa, który wyśmiewa jego wysiłki twierdząc, że Omega musi zachować siły na walkę z Shadowem. Ten, poznawszy prawdę, zwierza się Shadowowi i Rouge, która wraz z Shadowem i Omegą postanowiła uformować Zespół Ciemności, podobnie jak w Sonic Heroes na początku gry, że to on będzie tym, który uwięzi Shadowa w przyszłości. Jeż nie ma jednak o to do niego żalu. Cała trójka dociera w pogoni za Mephilesem na pustynię, gdzie zamierzają go uwięzić w nowym berle ciemności.