Lata 2006–2012 W sezonie 2005/06 trener Capello nie widział go w pierwszym składzie dając częściej szansę gry Ibrahimoviciowi. Del Piero wchodził jednak w końcówkach meczu i strzelał bramki, często na wagę zwycięstwa, jednak dało się zauważyć konflikt z trenerem Fabio Capello. W tym sezonie Del Piero zdobył swoją 183 bramkę dla Juve, tym samym stał się najlepszym strzelcem w historii klubu.
thumb|200px|Koszulka upamiętniająca 500. występ Del Piero w barwach Juventusu Po zdobyciu przez reprezentację Włoch Mistrzostwa Świata, we Włoszech doszło do rozstrzygnięcia tzw. Afery Calciopoli, w wyniku której Juventus został zdegradowany do Serie B oraz zostały mu odebrane dwa mistrzostwa Włoch z poprzednich dwóch sezonów. Jednak Alessandro Del Piero postanowił pozostać wierny swojemu klubowi. Nowym trenerem w tym czasie klubu został, przyjaciel Del Piero z czasów początku jego kariery, Didier Deschamps. Tymczasem Del Piero w wygranym meczu z Modeną (4-0) strzelił swoją 199. bramkę w koszulce Juventusu.
28 października 2006 kapitan Juventusu w meczu przeciwko Frosinone zdobył swoją 200. bramkę dla klubu.