Od 2001 do 2008 pracownik Oddziałowego Biura Edukacji Publicznej Instytutu Pamięci Narodowej w Gdańsku (stanowiska: starszy specjalista, główny specjalista, naczelnik). W latach 2003–2005 adiunkt w Instytucie Historii Uniwersytetu Gdańskiego. Od lipca do listopada 2006 był zatrudniony w Biurze Udostępniania i Archiwizacji Dokumentów Instytutu Pamięci Narodowej w Warszawie (stanowisko: kierownik sekcji Edycji Źródeł i Informacji Naukowej).
Decyzją z 22 lipca 2006 ministra obrony narodowej Radosław Sikorski powołał go na stanowisko przewodniczącego Komisji ds. Likwidacji Wojskowych Służb Informacyjnych, które Cenckiewicz zajmował do 30 października 2006. Miał udział w stworzeniu Raportu o niezgodnych z prawem działaniach WSI w okresie ich istnienia. Wówczas pracował jako doradca wiceministra obrony narodowej Antoniego Macierewicza – Pełnomocnika ds. organizacji Służby Kontrwywiadu Wojskowego, przy likwidacji Wojskowych Służb Informacyjnych.
Od grudnia 2006 do stycznia 2008 na mocy powołania przez Ministerstwo Skarbu był członkiem rady nadzorczej państwowego przedsiębiorstwa Operator Logistyczny Paliw Płynnych Sp. z o.o. (wcześniej: Naftobaza), należącego do Nafty Polskiej – spółki skarbu państwa.