Jest autorem ponad 200 publikacji naukowych, popularnonaukowych i źródłowych. Publikował m.in. na łamach pism i periodyków „Arcana”, „Niepodległość” (Nowy Jork-Londyn-Warszawa), „Biuletyn IPN”, „Pamięć i Sprawiedliwość” (Warszawa), „Dzieje Najnowsze” (Warszawa), „Orzeł Biały” (Londyn), „Wprost” i „Tygodnik Solidarność”, „Rzeczpospolita”, „Christianitas” i „Gazeta Wyborcza”. Publikował w miesięczniku „Uważam Rze” i do stycznia 2013 w jego tematycznym miesięczniku „Uważam Rze Historia”, a potem został redaktorem i publicystą mesięcznika „Historia Do Rzeczy”. W kwietniu wydano jego artykuł w czeskim czasopiśmie „Securitas Imperii”.
17 czerwca 2013 miała miejsce premiera książki Lech Kaczyński. Biografia polityczna 1949–2005, napisanej wraz z grupą badawczą i stanowiącej pierwszą część biografii Lecha Kaczyńskiego. We wrześniu 2013 roku ukazała się jego trzecia publikacja dotycząca Lecha Wałęsy pt. Wałęsa. Człowiek z teczki. 22 września 2014 tygodnik „Do Rzeczy” opublikował artykuł Sławomira Cenckiewicza i Piotra Woyciechowskiego Tajemnica „Tamizy” – jak prof.