Kieżun współpracował z bezpieką, w którym przedstawiono dokumenty świadczące o współpracy Witolda Kieżuna ze służbami specjalnymi PRL.
W 2009 rozpoczął prowadzenie zajęć z zakresu służb specjalnych PRL na podyplomowym Studium Socjologii Bezpieczeństwa Wewnętrznego na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu, zaś w 2013 został profesorem uczelnianym i nauczycielem akademickim historii w Wyższej Szkole Kultury Społecznej i Medialnej w Toruniu.
4 stycznia 2016 został powołany przez ministra obrony narodowej Antoniego Macierewicza na stanowisko Pełnomocnika Ministra Obrony Narodowej ds. Reformy Archiwów Wojskowych oraz na pełniącego obowiązki dyrektora Centralnego Archiwum Wojskowego. 4 czerwca 2016 został dyrektorem Wojskowego Biura Historycznego im. Gen. K. Sosnkowskiego. W czerwcu tego samego roku został powołany przez Sejm RP w skład Kolegium Instytutu Pamięci Narodowej.