Decyzja ta była wyrazem sprzeciwu wobec powołania na stanowisko dyrektora tej instytucji generała Bogusława Packa.
W maju 2025 Wydział ds. Wojskowych Prokuratury Okręgowej w Warszawie postawił mu zarzuty w związku z pomocnictwem w ujawnieniu fragmentów Planu Użycia Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej, którego miał dopuścić się jako Dyrektor Wojskowego Biura Historycznego. W sierpniu 2025 Prokuratura Okręgowa skierowała przeciwko niemu akt oskarżenia do sądu.
W maju 2025, prawomocnym wyrokiem Sądu Apelacyjnego w Warszawie, wygrał proces o naruszenie dóbr osobistych, który wytoczył Lechowi Wałęsie w związku z rozpowszechnianiem przez niego oskarżeń, jakoby Sławomir Cenckiewicz miał dokonać fałszerstwa dokumentów dotyczących tajnego współpracownika SB o pseudonimie Bolek. Sąd nakazał Lechowi Wałęsie przeproszenie Sławomira Cenckiewicza oraz wpłatę 30 tys. zł na cel społeczny.
W lipcu 2025 Karol Nawrocki zapowiedział powołanie Sławomira Cenckiewicza na szefa Biura Bezpieczeństwa Narodowego. 7 sierpnia tego samego roku Cenckiewicz został powołany na to stanowisko. W marcu 2026 został przewodniczącym nowo powołanej Rady Bezpieczeństwa i Obronności przy Prezydencie RP.