Oprócz funkcji prezydenta, Bongo pełnił również inne funkcje rządowe. W latach 1967–1975 był premierem Gabonu, a także ministrem obrony (1967–1981), ministrem informacji (1967–1981), ministrem planowania (1967–1977) oraz ministrem spraw wewnętrznych (1967–1970). W wyborach prezydenckich w 1973 był jedynym kandydatem na to stanowisko, zdobywając 99,56% głosów poparcia. Stosunki z Francją, dawnym mocarstwem kolonialnym, stały się najważniejszą osią polityki zagranicznej Gabonu. Gabon stanowił jeden z najważniejszych filarów tzw. Françafrique, systemu relacji i wspólnych interesów Francji z jej dawnymi koloniami w Afryce. Rządzący reżim prowadził z Francją szeroką wymianą handlową, udzielił koncesji francuskim firmom wydobywającym ropę naftową a z uwagi na własne bezpieczeństwo pozwolił wojskom francuskim na stacjonowanie w kraju. Relacje francusko-gabońskie były w okresie rządów Bongo często określane mianem neokolonialnych. Jednym z państw, z którym Gabon utrzymywał napięte stosunki była Gwinea Równikowa. Osią sporu była przynależność terytorialna wyspy Mbagne. Oba państwa rościły do niej pretensje, gdyż leżała w rejonie obfitującym w zasoby gazu ziemnego i ropy naftowej. W 1970 prezydent Bongo wysłał wojsko w celu okupacji wyspy. W 1972 państwa zobowiązały się rozwiązać spór polubownie.