II wojna światowa Począwszy od 6 kwietnia 1941 Grecja okupowana była przez państwa Osi. Od tego czasu Mikis pomagał głodującym dzieciom oraz żydowskim uciekinierom. 25 marca 1942 roku wziął udział w patriotycznej demonstracji przy grobie bohatera – Theodorosa Kolokotronisa, zorganizowanej z okazji rocznicy walki o wyzwolenie narodu greckiego z tureckiej, wielowiekowej niewoli. Wtedy też został po raz pierwszy aresztowany przez policję włoską za uderzenie oficera i osadzony w więzieniu, gdzie poddano go torturom. Udało mu się zbiec do Aten. W więzieniu poznał także greckich komunistów i wkrótce po tym sam wstąpił do zdelegalizowanej i represjonowanej od 1936 roku Komunistycznej Partii Grecji (KKE). Pod koniec 1943 roku Theodorakis został po raz kolejny aresztowany. W więzieniu został ostrzeżony przez szefa włoskiej policji o prawdopodobnej rychłej kapitulacji Włoch i zajęciu Grecji przez wojska Rzeszy, z czym wiązałoby się aresztowanie Mikisa przez Gestapo. Po wyjściu na wolność przyszły kompozytor udał się do swojej rodziny mieszkającej na dawniej cichym i zielonym przedmieściu Nea Smyrni, obecnie jednej z centralnych dzielnic Aten.