Wstąpił do młodzieżowej organizacji komunistycznej EPON – największej młodzieżowej organizacji antynazistowskiej w Grecji, jednocześnie rozpoczynając studia w ateńskim Konserwatorium w klasie profesora Philoktitisa Economidisa. W domu rodziców słuchał radia BBC. Tam też poznał Myrto Alttinoglu, również należącą do EPON, z którą ożenił się dziesięć lat później. W 1944 roku Mikis Theodorakis został aresztowany już po raz trzeci przez Gestapo. Na jego oczach zmarł zakatowany jego bliski przyjaciel, jednak sam Mikis został zwolniony z więzienia. Podobno powodem niespodziewanego zwolnienia był fakt, iż Niemcy byli zaciekawieni faktem, że w dokumentach tak młodego człowieka w rubryce „zawód” widniało słowo „kompozytor”. Po wyjściu z więzienia Theodorakis zaciągnął się w szeregi ELAS – lewicowego, masowego ruchu partyzanckiego, w znacznej mierze inspirowanego przez KKE.