24 kwietnia 1989 został ministrem gospodarki w rządzie Franza Vranitzky’ego. Na zjeździe ÖVP z 22 kwietnia 1995 został wybrany na przewodniczącego partii. Kilka tygodni później, 4 maja 1995, otrzymał nominację na stanowiska wicekanclerza i ministra spraw zagranicznych. Funkcje te pełnił także w gabinecie kanclerza Viktora Klimy do 4 lutego 2000. Od 1 stycznia do 4 lutego 2000 sprawował również funkcję przewodniczącego OBWE.
W wyborach w 1999 ÖVP zajęła trzecie miejsce – za socjaldemokratami i Wolnościową Partią Austrii (FPÖ), która uzyskała poparcie wyższe o około 400 głosów. Ludowcy zdecydowali się na koalicję z FPÖ, 4 lutego 2000 Wolfgang Schüssel objął urząd kanclerza. Wejście do rządu Wolnościowej Partii Austrii, określanej jako partia ksenofobiczna i nacjonalistyczna (m.in. ze względu na jej lidera Jörga Haidera), stało się przyczyną zastosowania przez Unię Europejską sankcji wobec państwa członkowskiego – przez osiem miesięcy pozostałe kraje miały zamrożone stosunki z Austrią. Koalicja ta nie wpłynęła negatywnie na poparcie dla kanclerza i Austriackiej Partii Ludowej. ÖVP zdecydowanie wygrała wybory w 2002, natomiast partia Jörga Haidera utraciła blisko 2/3 mandatów. Oba ugrupowania zdecydowały się kontynuować koalicję rządową. Nowy gabinet rozpoczął urzędowanie 28 lutego 2003.