W 2005 po rozłamie w FPÖ, funkcję koalicjanta przejęło powstało wówczas nowe ugrupowanie pod nazwą Sojusz na rzecz Przyszłości Austrii (BZÖ). Drugi rząd Wolfganga Schüssela funkcjonował przez cztery lata. W trakcie kierowania austriackim rządem Wolfgang Schüssel tymczasowo zarządzał także resortem sportu (od lutego do kwietnia 2003) oraz resortem spraw wewnętrznych (w styczniu 2007).
11 stycznia 2007, po wyborach w 2006, nowym kanclerzem został socjaldemokrata Alfred Gusenbauer. Austriacka Partia Ludowa ponownie przejęła rolę mniejszego koalicjanta. W 2007 przywództwo w tym ugrupowaniu przejął Wilhelm Molterer. Do 2008 Wolfgang Schüssel przewodniczył frakcji poselskiej ludowców, mandat poselski wykonywał również w kolejnej kadencji do 2011.
W 2008 stanął na czele zajmującego się polityką zagraniczną think tanku ÖGAVN, a w 2015 został przewodniczącym rady kuratorów Fundacji Konrada Adenauera.
W 2019 został członkiem rady dyrektorów rosyjskiego przedsiębiorstwa naftowego Łukoil. W marcu 2022, wkrótce po rozpoczęciu inwazji Rosji na Ukrainę, zrezygnował z tego stanowiska.
Życie prywatne Żonaty z psycholog Kristą Schüssel.