Zmarła w belgijskim Meise.
Nieślubne dziecko Nie ustają pogłoski o tym, że w 1866 Charlotta romansowała z belgijskim wojskowym Alfredem van der Smissenem i 21 stycznia 1867 urodziła syna – Maxime'a Weyganda. Weygand nie potwierdził, ani nie zaprzeczył, że mógł być synem cesarzowej, dlatego ta kwestia pozostaje ciągle niepewna.
Wdowa Brat byłej cesarzowej, Filip, książę Flandrii, kazał zbadać siostrę przez psychiatrów, którzy orzekli, że jest chora umysłowo, objawy choroby zaczęły już występować podczas podróży po Europie, kiedy, na przykład cesarzowa wmówiła sobie, że ktoś zamierza ją otruć. Nic nie jadła, aż ktoś przed nią nie posmakował posiłku. Piła wodę z fontanny, sądząc, że nikt nie mógł otruć publicznego wodopoju. Do stołu w jej pokoju przywiązywano kurę i na jej oczach zabijano, aby Charlotta mogła być pewna, że jedzenie będzie zdrowe. Resztę swojego życia spędziła w odosobnieniu, najpierw w Miramarze blisko Triestu we Włoszech. Następnie przebywała w zamku Bouchout w Meise w Belgii. Podczas I wojny światowej jej belgijski majątek został otoczony przez wojska niemieckie, pozostał jednak nietknięty, ponieważ Austria była jednym z głównych sojuszników Niemiec, zaś Charlotta była owdowiałą szwagierką austriackiego cesarza.