Viktor Uspaskich zrezygnował z kierowania partią, a po wyjeździe w tym samym roku na pogrzeb brata do Rosji, nie powrócił na Litwę.
Władze litewskie wydały europejski nakaz aresztowania jego osoby w związku z podejrzeniami popełnienia przestępstw skarbowych. We wrześniu 2006 Litwa wystąpiła o jego ekstradycję z Rosji.
W drugiej połowie 2007 przyjechał na Litwę, po przesłuchaniu w prokuraturze znalazł się w areszcie domowym. Powrócił do działalności politycznej, bezskutecznie próbował odzyskać mandat poselski w wyborach uzupełniających, a 17 listopada 2007 objął ponownie stanowisko przewodniczącego Partii Pracy. Kierował nią formalnie do 2013, faktycznie nadal pozostając jej liderem.
W wyborach parlamentarnych w 2008 po raz trzeci dostał się do Sejmu, jako lider krajowej listy swojego ugrupowania. W 2009 został posłem do Parlamentu Europejskiego VII kadencji. W wyniku wyborów krajowych w 2012 powrócił do krajowego Sejmu, rezygnując z mandatu europosła. W 2014 ponownie wybrany do Parlamentu Europejskiego na okres VIII kadencji. W 2018 powrócił na stanowisko przewodniczącego Partii Pracy, które zajmował do 2022. W 2019 utrzymał mandat eurodeputowanego na okres IX kadencji PE, który sprawował w 2024.