W dniach 21-25 maja 2001 roku ORP Wdzydze brał udział w międzynarodowych ćwiczeniach SQUADEX 01, wraz z niszczycielami min ORP „Mewa” i ORP „Czajka” oraz trałowcem ORP „Gopło”. W kwietniu 2003 jednostka reprezentowała Marynarkę Wojenną na międzynarodowych ćwiczeniach MCM SQNEX, wraz z trałowcem ORP Gopło i niszczycielem min ORP „Flaming” na wodach Południowego Bałtyku. 19 marca 2004, wraz z trałowcami ORP „Wigry” i ORP „Śniardwy” oraz śmigłowcem ratowniczym Mi-14PS brał w akcji poszukiwania pilota samolotu Su-22, z którym to utracono kontakt. Ostatecznie pilot został uratowany przez załogę śmigłowca.
W dniach 7- 20 czerwca 2008 roku okręt brał udział w międzynarodowych ćwiczeniach BALTOPS 08, wraz z trałowcem ORP „Mamry”. W październiku 2010 jednostka uczestniczyła w krajowych manewrach ANAKONDA 10.
W dniach 6-24 czerwca 2013 ORP Wdzydze uczestniczył w międzynarodowych ćwiczeniach BALTOPS 13, wraz z trałowcami ORP „Mamry”, ORP „Gopło”, ORP „Gardno”, ORP „Bukowo” i ORP „Hańcza”, okręt podwodnym ORP „Orzeł” oraz okrętem dowodzenia ORP „Kontradmirał Xawery Czernicki”, który w tym czasie był okrętem flagowym zespołu SNMCMG 1.