W roku 1985 przy filmie Kokon po raz pierwszy współpracował z reżyserem Ronem Howardem. W roku 1986 dzięki muzyce do filmu Obcy – decydujące starcie Jamesa Camerona, otrzymał swoją pierwszą nominację do Oscara. Napisał także muzykę do filmu animowanego Amerykańska opowieść. Za piosenkę z filmu otrzymał nominację do Oscara oraz dwie nagrody Grammy. Była to także pierwsza jego praca do filmu wyprodukowanego przez Stevena Spielberga. Horner w późniejszych latach napisał muzykę do kilku wyprodukowanych przez niego filmów familijnych i animowanych jak Pradawny ląd, Kacper czy Balto. Dzięki zdobytym wyróżnieniom, Horner na przełomie lat 80. i 90. stał się jednym z najbardziej znanych kompozytorów Hollywood.
Lata 1990–1999 W roku 1990 Horner otrzymał swoją trzecią nominację do Oscara za muzykę do filmu Pole marzeń. W roku 1993 napisał muzykę aż do dziewięciu filmów. Nawiązał także współpracę z Melem Gibsonem przy filmie Człowiek bez twarzy. Pisał muzykę do filmów familijnych m.in. Jack Niedźwiadek, W sercu Afryki, Jumanji. W roku 1995 Horner zdobył dwie nominacje do Oscara za muzykę do Apollo 13 i Braveheart. Waleczne serce.