Latem 2004 Chelsea sprzedała Boussoufę do KAA Gent za około 200 tysięcy euro. Tam szybko wywalczył miejsce w podstawowej jedenastce. W Eerste Klasse zadebiutował w 1. kolejce, 7 sierpnia w wygranym 1:0 (potem zweryfikowanym jako walkower 5:0) meczu z Germinalem Beerschot. W 7. kolejce zdobył swojego pierwszego gola w lidze (wygrany 2:0 wyjazdowy mecz z Excelsiorem Mouscron). W lidze rozegrał łącznie 29 meczów i strzelił 5 goli, a z Gent zajął wysoką 6. pozycję. W sezonie 2005/2006 pokazał się z jeszcze lepszej strony i już wtedy zaczęto go uważać za najlepszego piłkarza w lidze. Dobrze kierował grą zespołu. Jako ofensywny pomocnik zdobył 9 goli w lidze i poprowadził drużynę z Gandawy do 4. miejsca w Jupiler League.
Już w czerwcu 2006 Boussoufa podpisał 4-letni kontrakt z najbardziej utytułowanym klubem w Belgii, RSC Anderlecht. Suma transferu wyniosła 3,5 miliona euro. Od początku sezonu grał w podstawowym składzie Anderlechtu. W 2006 roku za swoją postawę w lidze Boussoufa został uhonorowany wieloma nagrodami: Złotego Buta dla najlepszego piłkarza Jupiler League, Najlepszego Piłkarza Belgii, Najlepszego Piłkarza Młodego Pokolenia, a także dla Najlepszego Piłkarza w Belgii Pochodzącego z Afryki (Belgian Ebony Shoe) (drugi po Mido piłkarz z Afryki Północnej, który otrzymał tę nagrodę).