IUCN wskazuje jednak na pozytywny stosunek do pudu południowego miejscowej ludności, choćby chroniącej go przed psami, choć w pojedynczych miejscach kłusownictwo trwa.
IUCN zauważyła gatunek po raz pierwszy w 1965, kiedy to wskazano na brak badań wystarczających do ustalenia statusu gatunku. W 1995 gatunek określono jako niedostatecznie poznany. 2 lata później status zmieniono na narażony (VU), co podtrzymano w 2008. W 2016 status obniżono na gatunek bliski zagrożenia (NT). IUCN motywuje to niewielkim zasięgiem występowania i endemizmem. Wskazuje też istotny spadek liczebności w ostatnim półtysiącleciu, w ostatnich 3 pokoleniach spadła ona o jedną piątą. Niemniej nie spełnia kryteriów wymaganych dla uznania gatunku za narażony.
Zwierzę obejmuje załącznik I CITES. Zamieszkuje ono liczne tereny chronione, w Argentynie 98% lokalizacji mieści się w obrębie parków narodowych. Ponadto prawo argentyńskie i chilijskie zabrania polowań na pudu południowego. W Argentynie uchodzi za gatunek specjalnej wartości. W Chile uznaje się go za gatunek wrażliwy na poziomie kraju, istnieją tam też prywatne tereny chronione zasiedlane przez pudu południowego. W niewoli trzymano 295 zwierząt (dane opublikowane w 2010).