Szacuje się, że 10 000 pudu południowych potrzebuje od 15 800 do 25 600 km² pierwotnego lasu.
Spadek liczebności wiązać się może z niszczeniem lasów, polowaniami psów (głównie w okolicach domostw i dróg, ale także w parkach narodowych) i kłusownictwem (zarówno dla utrzymania się, jak i dla kolekcjonerów, w latach 80. XX w. ponad 600 okazów zabito tylko na wyspie Chiloé). Ponadto spadek ten wiąże się z wprowadzaniem obcych gatunków, nie tylko jeleniowatych, ale i dzika, które to niszczą podszyt i środowisko w ogóle, utrudniając też regenerację lasu. Ponadto podejrzewa się, że dziki mogą polować na młode pudu, choć nie zostało to dowiedzione. Bydło z kolei roznosi wśród pudu choroby wywoływane przez Pestivirus czy Mycobacterium avium paratuberculosis. Z kolei wprowadzone do biotopu pudu zające stanowią źródło pożywienia rozrastającej się populacji pum, polujących i na pudu. Dodatkowo pudu południowe giną w wypadkach drogowych, także w parkach narodowych. Kolejne zagrożenia mogą wiązać się z planowanym mostem łączącym wyspę Chiloé, umożliwiającym co prawda wymianę genów między izolowanymi wcześniej populacjami pudu, ale i migracje drapieżników.