W 1990 roku zdecydował się na powrót do gry w Niemczech, jego nowym klubem została Borussia Dortmund. Tutaj zaliczył najbardziej udany okres w karierze. W 1992 powołany przez trenera Richarda Møllera Nielsena na Mistrzostwa Europy, imprezie na której rozegrał wszystkie pięć spotkań, a w półfinałowej serii rzutów karnych z Holandią strzelił niezwykle ważną bramkę swojemu byłemu koledze z PSV Eindhoven – Hansowi van Breukelenowi. Zdobycie tytułu mistrza Europy było najważniejszym osiągnięciem w karierze pomocnika.
W kwietniu 1993 przeciwko 1. FC Köln zerwał więzadła w prawym kolanie i musiał pauzować aż do października tego samego roku. Niespełna rok później przytrafiła mu się kolejna kontuzja więzadeł, tym razem... w lewym kolanie. Do gry powrócił dopiero w marcu 1995 i chociaż zdobył wraz z klubem z Westfalii mistrzostwo Bundesligi to zdecydował się na zakończenie swojej kariery. Trzy lata później niejako jego śladami podążył jego rodak, Henrik Andersen, któremu kontuzje kolan również przerwały karierę. W latach 1998–2004 Povlsen grał w klubie z rodzinnego miasta Brabrand IF, na poziomie amatorskim.