Udział Stanów Zjednoczonych w II wojnie światowej i powoływanie do wojska zawodowych graczy, mogło mieć wpływ na dalszą karierę Musiala, kiedy przeszedł badania medyczne przed możliwym poborem. Pozostał jednak w zespole na cały sezon, w którym uzyskał średnią 0,347 i zaliczył 197 odbić. Cardinals zdobyli po raz trzeci z rzędu mistrzostwo National League, a w World Series zagrali z innym zespołem z St. Louis, Browns, którzy po trzecim meczu prowadzili 2–1; Musial odbijał średnio 0,250. W meczu numer 4 zaliczył dwupunktowego home runa, single'a, double'a i bazę za darmo, a Cardinals zwyciężyli 5–1 i doprowadzili do wyrównania w serii. Dwa kolejne mecze również wygrali i zdobyli mistrzostwo MLB. Musial w finałach zanotował średnią 0,304.
Służba w U.S. Navy