Kierownictwo i szefowie Informacji Nowo powstałe ogniwo kontrwywiadu wojskowego nie wchodziło w skład struktur sztabowych. Było samodzielne pod względem strukturalnym i zadaniowym. Zgodnie ze statutem GZI podlegał Naczelnemu Dowódcy Wojska Polskiego, czyli gen. Michałowi Rola-Żymierskiemu w okresie 1944–1945. Była to podległość formalna, ograniczająca się najczęściej do informacji o planowanych przedsięwzięciach i sprawozdań z ich wykonania. Pod względem konkretnych instrukcji zadaniowych GZI podlegał generałowi pułkownikowi Iwanowi Sierowowi, ówczesnemu zastępcy Ludowego Komisarza Bezpieczeństwa Państwowego ZSRR (NKGB), i innym wysokim funkcjonariuszom NKGB i Smiersz, m.in. komisarzowi b.p. 3 rangi G. Żukowowi.
W późniejszych latach Główny Zarząd Informacji formalnie podlegał I Wiceministrowi Obrony Narodowej, gen. dyw. Marianowi Spychalskiemu w okresie 1945–1949, gen. bryg. Edwardowi Ochabowi od 11 marca 1949 do 24 stycznia 1950 roku, a następnie Ministrowi Obrony Narodowej marszałkowi Polski i marszałkowi ZR Konstantemu Rokossowskiemu do października 1956 roku.