Nowe niepodległe państwo zostało członkiem, Francuskiej Wspólnoty, ONZ, OJA i Ligi Państw Arabskich.
Na czele młodej Republiki Dżibuti jako prezydent stanął przywódca Afrykańskiej Ligi Ludowej na Rzecz Niepodległości Hassan Gouled Aptidon. Od tego czasu w kraju trwa konflikt rywalizujących ze sobą ugrupowań politycznych, z jednej strony opozycyjnych, do których należą głównie członkowie plemienia Afarów, z drugiej zaś Issowie – siły popierające rząd. W 1981 nastąpiła reelekcja Hassana Gouleda Aptidona, który wprowadził rządy dyktatorskie. Nowo przyjęta konstytucja w 1981 wprowadziła system jednopartyjny (prezydenckie Ludowe Zgromadzenie na rzecz Postępu zostało jedyną legalną partią) i sześcioletnią kadencję prezydencką. W 1987 roku Aptidon został wybrany po raz trzeci. W latach 80. Dżibuti z sukcesem prowadziło politykę neutralności względem sąsiadów, zawierając układy o przyjaźni z Etiopią, Somalią, Sudanem i Kenią.