Polityczny konflikt w 1991 przerodził się w etniczną wojnę domową (rządzący – Issowie i opozycja – Afarowie). Po francuskiej interwencji w 1992 kiedy to Francja wsparła zbrojnie rząd Dżibuti. W wyniku interwencji Aptidon wprowadził system wielopartyjny, uchwalił nową konstytucję oraz przeprowadził nowe wybory parlamentarne. W wyniku niskiej frekwencji zwyciężyła partia Ludowe Zgromadzenie na rzecz Postępu, zaś Gouled Aptidon po raz czwarty został wybrany na prezydenta. Konflikt zakończył się w grudniu 1994 roku podpisaniem porozumienia pokojowego pomiędzy Afarami a rządem. H.G. Aptidon zrezygnował z funkcji prezydenta w 1999 (w wieku 83 lat) po tym, jak został wybrany po raz piąty na to stanowisko w 1997 roku. Jego zastępcą został Ismail Omar Guelleh.
W 2001 roku w wyniku mediacji Francji zawarto porozumienie pomiędzy władzami Dżibuti a opozycją. W 2002 roku usunięto z konstytucji zapis ograniczający liczbę działających legalnie partii politycznych do 4. W 2003 roku wybory parlamentarne wygrała koalicja Związek na rzecz Większości Prezydenckiej (UMP), utworzona przez RPP, FRUD, PND i PPSD.