Jego pierwszym poważnym teatrem działań były Niemcy, gdzie uczestniczył w kampanii 1795 roku. Walczył m.in. pod Rastadt czy pod Ettlingen, osłaniał tyły armii generała Moreau podczas odwrotu, który nastąpił wskutek przegranych bitew pod Ambergiem i Würzburgiem, w 1796 przez kilka miesięcy bronił fortecy Kehl. Wybitne umiejętności sprawiły, że jego imię szybko stało się popularne na równi z innymi generałami: Bonapartem, Jourdanem, Hoche, Moreau czy Kléberem. Jego sukcesy zakończył rozejm w Leoben z kwietnia 1797. Desaix przeniósł się do Włoch.
Tutaj, wraz ze swoim przyjacielem Louisem Davoutem, poznał Napoleona Bonaparte, który szybko przekonał do siebie młodego Desaixa. W 1798 obaj wyruszyli do Egiptu. Desaix zaznaczył swoją obecność jeszcze w trakcie podróży. To on najbardziej przyczynił się do opanowania Malty. Będąc już w Egipcie, odznaczył się w bitwie pod piramidami, powstrzymując silny atak mameluków i dokonując istnej rzezi. Do legendy przeszedł jego wielomiesięczny pościg za Murad Bejem, którego dopadł w końcu pod Sedimanem. Kiedy opanował Górny Egipt, wśród rolników i ludności tubylczej zyskał przydomek „Sprawiedliwy Sułtan”.