Gdy rząd przyłączył się do bloku Osi, w kraju wybuchły ogólnokrajowe protesty społeczne, a mieszkańcy uznali to za zdradę. W KPJ zwołano KC i wydano odezwę do mieszkańców, w której wezwano do ochrony niezależności Jugosławii i zawarcia sojuszu ze Związkiem Radzieckim (ten na skutek paktu Ribbentrop-Mołotow był obojętny wobec poczynań Niemiec). Protesty doprowadziły do chaosu, w wyniku którego Hitler nakazał zbrojną agresję na Jugosławię.
Działalność NOVJ według regionów Bośnia i Hercegowina thumb|Flaga ruchu oporu z Bośni i Hercegowiny Aż do początku 1942 roku w Bośni i Hercegowinie działali niemal wyłącznie partyzanci serbscy ściśle współpracujący z czetnikami, niektóre oddziały we wschodniej, zachodniej Bośni i Hercegowinie odmówiły nawet przyjmowania do swoich szeregów Muzułmanów. Takie postępowanie było dla wielu Muzułmanów sygnałem, że między czetnikami a partyzantami zachodzi jedynie niewielka różnica. Jeszcze na początku wojny na niektórych obszarach partyzantom udało się jednak przyciągnąć zarówno Muzułmanów i Chorwatów, nastąpiło to zwłaszcza w obszarze Kozara w górskich rejonach północno-zachodniej Bośni i w pobliżu Sarajewa.