Szczątkowa informacja dociera do ojca Brennan, który sądząc, że to jego córka wychodzi za mąż, powraca do stolicy. Booth aresztuje mężczyznę, choć nie chce ranić przyjaciółki. W dniu ślubu Angeli i dr. Jacka Hodginsa Booth wyjaśnia Brennan emocje kierujące jej ojcem. Splot wypadków sprawia, że ostatecznie do małżeństwa Angie i Jacka nie dochodzi, a przed ołtarzem stoją Booth i Brennan.
Trzecia seria (15 odcinków) Bones nie może przeboleć wyjazdu swojego ucznia, Zacka, do Iraku. Nie jeździ z Boothem na miejsca zbrodni, co niepokoi agenta. Po powrocie Zacka Temperance wraca do pracy w terenie, co cieszy Bootha. W trakcie serii Brennan zbliża się do zamkniętego w więzieniu ojca i godzi się z nim. Staje się coraz bardziej uczuciowym człowiekiem. Pojawia się seryjny morderca, zwany Gormogonem, jego osoba przewija się do samego finału serii. Booth i Bones zostają skierowani na "terapię partnerską" u dr. Lance'a Sweetsa. Dwudziestodwuletni terapeuta nie przypada im do gustu i oboje go męczą, mimo że terapia skutkuje. Wzrasta napięcie między parą głównych bohaterów, kulminacyjnym momentem jest pocałunek pod jemiołą (The Santa in the Slush 03x09). Wkrótce potem Booth i Bones mają okazję sprawdzić się w roli opiekunów niemowlęcia. W kolejnym odcinku Max Keenan jest sądzony za morderstwo.