Okazuje się również, że jej ojciec pozostaje przy życiu. Brat Tempe, Russ po długoletnim milczeniu znów rozmawia z siostrą. Wychodzi na jaw, że rodzice Brennanów byli przestępcami, a ich ojca nadal ściga prawo.
Druga seria (21 odcinków) Temperance powraca do pracy, ale następuje zmiana na stanowisku jej szefa: dr. Goodmana zastępuje dr Saroyan, była dziewczyna Bootha. Zmiana w zespole wytwarza napięcia. Temperance nadal dystansuje się od świata, z czego wynika wiele zabawnych sytuacji. Między kolejnymi sprawami przenika wątek powrotu ojca dziewczyny i niebezpieczeństwa grożącego rodzeństwu Brennanów. By zapobiec nieszczęściu ojciec Temperance i Russa zabija skorumpowanego szefa FBI. Temperance wraz z dr. Jackiem Hodginsem zostaje zakopana żywcem w samochodzie przez Grave Diggera. Pod koniec serii Brennan zaczyna spotykać się z agentem FBI, Sullivanem, zwanym Sullym. Jednak, gdy mężczyzna proponuje jej długi rejs i urlop w pracy, Temperance rezygnuje ze związku. Mimo tego pojawia się napięcie między nią a Boothem, więc zdesperowany agent zmusza przyjaciółkę do rozmowy z psychologiem, który stwierdza, że ich problemy z dogadaniem się wynikają z konfliktu charakterów, a nie napięcia uczuciowego. Brennan zostaje poproszona przez swoją najlepszą przyjaciółkę, Angelę Montenegro, o to, by była jej druhną.