W 1819 roku został wybrany na członka Warszawskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk. Został przychylnie przyjęty przez rosyjskie środowisko naukowe, m.in. dzięki krytyce tekstów historyka Nikołaja Karamzina, który miał wielu wrogów w swoim środowisku. Przedstawiony przez Chodakowskiego „Projekt naukowej podróży po Rosji” uzyskał subwencję, choć rok później ją stracił poprzez wpływy Karamzina.
Ożenił się z Konstancją Fleming w 1819 roku. W ciągu dwóch lat zmarł syn z tego związku, a potem również żona. Wkrótce Chodakowski ożenił się powtórnie.
Popadł w biedę i do końca życia nie uzyskał już finansów na badania. Mimo to dalej ciężko pracował i gromadził materiały. Ostatnią rozprawę, Próba wyjaśnienia słowa kniaź – ksiądz, ukończył w 1824 roku. Pod koniec życia podjął posadę zarządcy dóbr u pewnego ziemianina w guberni twerskiej. Tam zmarł w 1825 r. w nieznanych okolicznościach.
Dorobek naukowy Najważniejsze tezy zawarł w rozprawie O Sławiańszczyźnie przed chrześcijaństwem. Chrześcijaństwo, według Chodakowskiego, zatarło cechy Słowian, zniszczyło ich dorobek kulturowy. Elementy przedchrześcijańskiej historii, religii, kultury Słowian miały przetrwać jedynie w folklorze ludowym. Chodakowski postulował odrodzenie narodu dzięki szeroko zakrojonym badaniom nad ludem wiejskim i jego obyczajami: