Na stopień porucznika został mianowany ze starszeństwem z 19 marca 1937 i 65. lokatą w korpusie oficerów piechoty. W kwietniu 1937 wrócił do macierzystego pułku i został przeniesiony do Korpusu Ochrony Pogranicza. W marcu 1939 pełnił służbę w Batalionie KOP „Ludwikowo” na stanowisku dowódcy plutonu 2 kompanii granicznej. W kampanii wrześniowej był dowódcą 7 kompanii 96 pułku piechoty. Walczył w obronie Lwowa, a po kapitulacji przedostał się do Warszawy.
Po zaprzysiężeniu od kwietnia 1940 działał w konspiracyjnej organizacji „Komenda Obrońców Polski”, a następnie w organizacji „Miecz i Pług”. W konspiracji był między innymi wykładowcą w Szkołach Podchorążych występując pod pseudonimem „Zamarstynowski”. Po raz drugi zostaje zaprzysiężony w maju 1944 po wstąpieniu do Armii Krajowej. Od kapitana Lucjana Fajera ps. „Ognisty” przejął dowództwo batalionu im. Stefana Czarnieckiego (nazywanego początkowo Batalionem Praskim i Oddziałem Praskim), który w kwietniu 1944 został wcielony w skład Zgrupowania AK „Łukasiński”.
W pierwszych dniach powstania warszawskiego kpt. Lucjan Giżyński ps. „Gozdawa” był dowódcą batalionu im. Stefana Czarnieckiego, a od 3 sierpnia do 9 sierpnia kpt.