Do połowy XX wieku znane były jedynie fragmenty greckiej wersji tego tekstu. Ewangelia Tomasza jest jednym z tekstów odkrytych w 1945 roku w Nag Hammadi w zbiorze trzynastu koptyjskich kodeksów papirusowych. Rękopis nosi numer II (Nag Hammadi Codex II) i jest przechowywany w Kairze, w dziale rękopisów Muzeum Koptyjskiego (Coptic Museum, Department of Manuscripts) Inv. 10544). Zawiera siedem dzieł literackich, Ewangelia Tomasza jest jego drugim dziełem). Spisana została w dialekcie saidzkim, jakkolwiek zawiera szereg nieregularności językowych, które wskazują na wpływy dialektu subachmimskiego. Jest to jedyny zachowany rękopis z pełnym tekstem apokryfu. Opublikowany został w roku 1959.
Odkryto ponadto dwa inne koptyjskie rękopisy CG XIII (dokładny odpowiednik dla CG II) oraz Or. 4926 (dialekt subachmimski). Oba zawierają logion 5 i zachowały się we fragmentarycznym stanie.