Tekst koptyjski nie zawsze jest zgodny z greckimi fragmentami (znalezionymi w Oxyrhynchus), największą różnicą jest umieszczenie partii 30 logionu według greckiego tekstu na końcu 77 logionu w tekście koptyjskim. Zachodzą też znaczące różnice pomiędzy tekstem koptyjskim a cytatami Hipolita. Według Nikefora z IX wieku Ewangelia Tomasza ma 1300 stychów, co jest zbyt dużą liczbą na znaną nam wersję tej ewangelii. Oznacza to, że Ewangelia Tomasza występowała w kilku formach i poddana została więcej niż jednej redakcji.
Autorstwo i czas powstania thumb|Apostoł Tomasz Według samego utworu jego autorem jest apostoł Tomasz Didymus wspomniany też kilkakrotnie w Ewangelii Jana.
To są tajemne słowa, które Jezus żywy wypowiedział, a zapisał je Didymus Juda Tomasz (Ewangelia Tomasza 32,10).
Najbardziej prawdopodobnym miejscem powstania apokryfu jest Syria.
Greckie rękopisy P. Oxy. 1 i P. Oxy. 654 pochodzą z początku III wieku i wskazują, że tekst grecki istniał w końcu II wieku. Najstarszy koptyjski rękopis pochodzi z I poł. IV wieku.