Po publikacjach Helmuta Koestera (1957, 1968, 1971) powoli zaczął dochodzić do głosu pogląd, że niektóre partie dzieła pochodzą z połowy I wieku. Pogląd zwyciężał powoli, ponieważ przeciwstawiano mu jako kontrargument wpływy gnostyckie. Znaczna część logionów ma charakter bardziej pierwotny od Ewangelii kanonicznych, wyglądają na współczesne dla źródła Q i są od niego niezależne (brak charakterystycznych dla Q zapowiedzi powtórnego przyjścia Syna człowieczego). Logiony te zostały przeredagowane w II wieku w duchu wczesnognostyckim.
Ewangelia Tomasza powstała w dwóch redakcjach (stąd powtórzenia), pierwsza została dokonana w I poł. II wieku, druga ok. 170 roku. Badacze wskazują, że niektóre partie apokryfu mogą pochodzić z końca I wieku, natomiast inne jej teksty (np. logion 68) nie mogły powstać przed powstaniem Bar Kochby. Ewangelia cytowana jest przez Hipolita i Orygenesa. Według Harnacka Ireneusz znał Ewangelię Tomasza. Przyjmuje się, że koniec II wieku to terminus ante quem.