Helmut Koester twierdził, że tradycje zawarte w ewangelii pochodzą nawet z połowy I wieku i niejednokrotnie mają bardziej pierwotny charakter niż w Ewangeliach kanonicznych, jednak zostały później zredagowane przez gnostyckiego redaktora.
Według części badaczy niektóre partie apokryfu mają bardziej pierwotny charakter niż ich odpowiedniki w Ewangeliach kanonicznych. Stephen J. Patterson jako przykład podaje przypowieść O dzierżawcach winnicy (logion 65–66), opisaną przez wszystkich trzech synoptyków, w Ewangelii Tomasza zachowuje najbardziej pierwotny charakter. W Ewangelii Marka przypowieść ta nosi już cechy alegoryczne, których brak w Ewangelii Tomasza. John Dominic Crossan uważa (powołując się przy tym na innych badaczy), że Ewangelia składa się z dwóch warstw, pierwsza powstała w latach pięćdziesiątych I wieku, natomiast druga w latach sześćdziesiątych lub siedemdziesiątych I wieku. Według Crossana Ewangelia Tomasza jest niezależna od ewangelii kanonicznych. Bart D. Ehrman, posługując się kryterium prostoty („w toku przekazywania tego typu treści ulegają zwykle wydłużeniu i wysubtelnieniu”), sugeruje że Ewangelia Tomasza przekazuje niektóre wypowiedzi Jezusa w formie starszej niż Ewangelie synoptyczne.