Wnętrze Stiukowa dekoracja, umieszczona głównie na sklepieniach, została wykonana przez kilka warsztatów sztukatorskich. W apsydzie prezbiterium znajdują się sceny z życia św. Piotra i św. Pawła oraz posągi patronów Polski – św. Wojciecha i św. Stanisława wykonane przez sztukatora Jana przed 1619 rokiemMichał Kurzej, Siedemnastowieczne sztukaterie w Małopolsce, Kraków 2012, s. 336-337.. Jego warsztat ozdobił również sklepienie kopuły. W nawach bocznych motywy zdobnicze stają się bardziej swobodne – pojawiają się tam postacie puttów wplecionych w ornamentalne kompozycje i kartusze dekorowane polichromiami. Dekoracje stiukowe kaplic wykonał m.in. warsztat Giovanniego Battisty Falconiego w latach 30. i 40. XVII wiekuMichał Kurzej, Siedemnastowieczne sztukaterie w Małopolsce, Kraków 2012, s. 338-341.. Prace nad zdobieniem sklepienia ostatniej nieudekorowanej jeszcze kaplicy pw. św. Franciszka Borgiasza, prowadzone przez warsztat Kazimierza Kaliskiego, zakończono dopiero w 1698 rokuMichał Kurzej, Siedemnastowieczne sztukaterie w Małopolsce, Kraków 2012, s. 341..