Późnobarokowy ołtarz główny z roku 1735 z rzeźbami Antoniego Frączkiewicza zaprojektowany został prawdopodobnie przez Kacpra Bażankę. Obraz w ołtarzu – Wręczenie kluczy św. Piotrowi – namalował około 1820 roku Józef Brodowski (wzorując się na niezachowanym XVIII-wiecznym obrazie Szymona Czechowicza).
Prezbiterium Przy północnej ścianie prezbiterium znajduje się nagrobek biskupa Andrzeja Trzebickiego z końca XVII wieku ufundowany wujowi przez dziekana krakowskiego Kaspra CieńskiegoJan Korytkowski, Prałaci i kanonicy katedry metropolitalnej gnieźnieńskiej od roku 1000 aż do dni naszych. Podług źródeł archiwalnych. T.1, Gniezno 1882, s. 138., a przy południowej – obraz przedstawiający Wszystkich Świętych pędzla Szymona Czechowicza z 1763 roku przeniesiony z dawnego kościoła Wszystkich Świętych.
Nawa główna wczesnobarokowa ambona pomnik Kajetana Florkiewicza (autor: Franciszek Wyspiański, 1877) posąg Piotra Skargi (autor: Oskar Sosnowski, 1869) – przeniesiony z katedry na Wawelu na początku XX wieku. pomnik papieża Piusa IX (autorzy: Walery Gadomski i Michał Korpal, 1880)Anna Agaciak Papież Pius IX błogosławi Panteonowi. chrzcielnica (1528) – przeniesiona z dawnego kościoła pw. Wszystkich Świętych