Krótko po podjęciu przez niego pracy na stanowisku wykładowcy na Akademii Krakowskiej, miało miejsce trzęsienie ziemi, w wyniku którego zniszczeniu uległ kościół św. Katarzyny. Izajasz Boner brał udział w jego odbudowie, jego staraniem gruntownej renowacji poddano m.in. znajdujący się w wydzielonej z krużganków kaplicy fresk przedstawiający Matkę Boską Pocieszenia (otoczony do dziś dużym kultem). Legenda głosi, iż kilka lat później, modląc się przed tym obrazem słowami Monstra te esse Matrem (Okaż, że jesteś Matką) doprowadził do wskrzeszenia zmarłego dziecka. W pamięci Krakowian zachował się jako bezgranicznie oddany wiernym duszpasterz: wiele pracy poświęcał pomocy potrzebującym, był opiekunem chorych, często dobrowolnie oddawał się pokucieJoachim Roman Bar: Polscy święci. t. 3, wyd. ATK. 1984. Izajasz Boner zwany błogosławionym.. Pełnił również działalność edukacyjną: zreorganizował kształcenie nowicjuszy w rodzimym zakonie, założył w nim również skryptorium. Przypisuje mu się autorstwo kilku traktatów teologicznych (m.in. „O Najświętszej Trójcy” oraz komentarz do Sentencji Piotra Lombarda), jednak prawdopodobnie żadne z jego dzieł nie zachowało się do naszych czasów.