Kult prywatny Izajasza Bonera, funkcjonujący w Krakowie praktycznie od czasu jego śmierci, umocnił się w XVII wieku. Ku jego czci pisano liczne pieśni i hymny, w 1871 roku wybito medalik upamiętniający jego postać. Grób mnicha, od końca XVIII wieku ulokowany w kaplicy jego imienia, nawiedzany był licznie przez mieszkańców miasta, proszących (według podań, czasem skutecznie) o wstawiennictwo i uleczenie. Jego proces beatyfikacyjny rozpoczął się, po latach starań, w 1997 roku. Rok wcześniej, z inicjatywy kardynała Franciszka Macharskiego, papież Jan Paweł II wyraził formalną zgodę na oddawanie kultu publicznego i kościelnego Izajasza Bonera na terenie Archidiecezji krakowskiej. Od tego czasu pozostaje on, wspólnie z Matką Boską Pocieszenia, św. Katarzyną Aleksandryjską oraz św. Ritą, patronem parafii św. Katarzyny w Krakowie.

Proces beatyfikacyjny Ojcowie augustianie przekonani o jego świątobliwości życia podjęli starania w celu wyniesienia go na ołtarze. 1 lutego 1957 Stolica Apostolska wydała dekret tzw. Nihil obstat wyrażający zgodę na rozpoczęcie jego procesu beatyfikacyjnego, a następnie 5 grudnia 1997 dekret o ważności postępowania diecezjalnego.