W 1999, w wyniku braku porozumienia z TVP, gala Fryderyków 1998 została wyprodukowana we współpracy z telewizją TVN.
W grudniu 1999 Związek Producentów Audio-Video powołał Akademię Fonograficzną, zajmującą się przyznawaniem nominacji i wyłanianiem zwycięzców. Została ona podzielona na trzy sekcje: muzyki rozrywkowej, jazzowej i poważnej, a zaproszenie do dołączenia otrzymali wszyscy dotychczasowi nominowani i laureaci Fryderyków. W pierwszym roku do Akademii wstąpiło około 400 osób, w tym artyści, producenci muzyczni i przedstawiciele firm fonograficznych. W 2000, z inicjatywy Grzegorza Ciechowskiego, do jej grona dołączyli dziennikarze muzyczni.
W kolejnych latach słabło w TVP zainteresowanie organizacją Fryderyków, co było związane z faktem, że dyrektor TVP1, Sławomir Zieliński, usiłował wypromować konkurencyjne Superjedynki. W latach 2000–2002 gale wyemitowały kolejno: TVP1, TV Puls i TVP2.