Pojemność Pawiaka, wraz z oddziałem kobiecym, wynosiła ok. 1000 więźniów. Oprócz budynków z celami dla więźniów znajdowały się tam także powstałe w różnym czasie zabudowania pomocnicze, mieszczące m.in.: magazyny, warsztaty więzienne, garaże, kuchnię, łaźnię, pralnię i kartoflarnię.
Okres II wojny światowej Pierwszych Polaków osadzano w Pawiaku od 2 października 1939A.K. Kunert, Z. Walkowski, Kronika kampanii wrześniowej 1939, Wydawnictwo Edipresse Polska, Warszawa 2005, , s. 147.. Byli to więźniowie aresztowani na podstawie niemieckich list proskrypcyjnych tzw. Sonderfahndungsbuch Polen, na których znajdowali się działacze polityczni i samorządowi, przedstawiciele kultury, przedsiębiorcy i członkowie różnych polskich organizacji. Aresztowania te przeprowadzano w ramach akcji represji na polskiej inteligencji tzw. Intelligenzaktion przeprowadzanej przez grupy operacyjne Einsatzgruppen działające w Polsce jesienią 1939 roku. W początku października 1939 roku do Warszawy przybyli funkcjonariusze Einsatzgruppe IV i natychmiast przystąpili do realizacji swoich zadań operacyjnych, dokonując licznych rewizji oraz masowych aresztowań.