Egzekucje więźniów politycznych z Warszawy Niemcy przeprowadzali zazwyczaj w tajemnicy, w okolicach niedostępnych dla osób postronnych. Miejscami kaźni stały się m.in.: ogrody sejmowe przy ul. Wiejskiej; Las Kabacki; Szwedzkie Góry na terenie Bemowa; Las Sękociński koło Magdalenki; Lasy Chojnowskie koło Stefanowa; Laski, Wydmy Łuże i Wólka Węglowa na obrzeżach Kampinosu; a przede wszystkim – Palmiry.
Latem 1942 roku załoga Pawiaka uczestniczyła w wielkiej akcji deportacyjnej mieszkańców getta do obozu zagłady w Treblince. Na terenie więzienia gromadzono część mienia po wywożonych Żydach, m.in. w dawnej kaplicy na oddziale męskim zorganizowano skład leków z aptek getta.
31 grudnia 1943 strażnik więzienny Wippenbeck powiesił w celi zbiegłego z obozu jenieckiego Stalag VIII B brytyjskiego lotnika Geofreya Hickmanna; jako przyczynę śmierci oficjalnie podano samobójstwoEdmund Odorkiewicz ”Kryptonim "Dorsze"”, rozdział „Lotnik zamordowany przez SS-manów na Pawiaku” s92-99, Wydawnictwo „Śląsk”, 1971.