Podczas powstania w getcie Pawiak był stale ochraniany przez straż ogniową z uwagi na pożary kamienic otaczających kompleks więzienia. Po stłumieniu powstania w maju 1943, więźniów zaczęto rozstrzeliwać w ruinach dawnej „żydowskiej dzielnicy mieszkaniowej” – zwłaszcza na posesjach sąsiadujących z Pawiakiem ulic: Dzielnej, Gęsiej, Zamenhofa, Lubeckiego i Nowolipki. Częstym miejscem egzekucji były m.in. kamienice przy ul. Dzielnej 25 i 27, znajdujące się naprzeciwko głównej bramy więzienia. 11 czerwca 1943 Heinrich Himmler wydał rozkaz, na mocy którego Pawiak miał zostać przekształcony w obóz koncentracyjny.. Ostatecznie pomysł ten został jednak zarzucony, a obóz koncentracyjny KL Warschau został zorganizowany w pobliżu Pawiaka – w rejonie ul. Gęsiej na obszarze byłego getta.
Masowe zbrodnie na Pawiaku w maju 1943 wstrząsnęły Warszawą. Na murach domów, tablicach ogłoszeniowych oraz chodnikach pojawiły się napisy „Pawiak pomścimy”. Od października 1943 r. w Warszawie odbywały się natomiast jawne egzekucje na ulicach miasta mające na celu zastraszenie mieszkańców stolicy. Na Pawiak przywożono wówczas masę ludzi złapanych w ulicznych łapankach i obławach. Egzekucje więźniów od 16 października 1943 r. do 15 lutego 1944 r. odbywały się codziennie, a nawet kilka razy w ciągu dnia.