Historia Światowa historia Instytutów Konfucjusza rozpoczęła się w czerwcu 2004. Chińskie Państwowe Biuro Międzynarodowej Promocji Języka Chińskiego (Hanban) utworzyło pilotażowe centrum języka chińskiego w Taszkencie. W listopadzie tego samego roku w Seulu powstał pierwszy Instytut Konfucjusza. Od tej pory podobne instytucje zaczęto tworzyć przy wielu uczelniach w tak różnych częściach świata, jak Australia, Stany Zjednoczone, RPA, Kanada, Niemcy, Singapur, Zimbabwe, czy Rwanda. Pierwszy w Europie Instytut powstał w lutym 2005 roku w Sztokholmie.
16 czerwca 2006 roku w Sali Senackiej Collegium Novum, Ambasador Chińskiej Republiki Ludowej Yuan Guisen i Rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego prof. dr hab. Karol Musioł, podpisali list intencyjny w sprawie utworzenia Instytutu Konfucjusza.
W lipcu nawiązano współpracę z Pekińskim Uniwersytetem Języków Obcych (Beijing Waiguoyu Daxue, w skrócie Beiwai), który specjalizuje się w badaniu i nauczaniu języków obcych: naucza się tam 35 języków, w tym (jako do niedawna jedynym ośrodku akademickim w Chinach) języka polskiego (w ramach regularnych studiów polonistycznych). Z tego powodu Pekiński Uniwersytet Języków Obcych stał się partnerem Uniwersytetu Jagiellońskiego przy tworzeniu Instytutu Konfucjusza.