29 września 2006 Rektor UJ prof. Karol Musioł i dyrektor Hanbanu, pani Xu Lin podpisali w Collegium Maius porozumienie o ustanowieniu Instytutu Konfucjusza w Krakowie. Druga część ceremonii otwarcia odbyła się w III Kampusie 600-lecia Odnowienia UJ, gdzie otworzono biuro Instytutu i gdzie odsłonięto dwujęzyczną tablicę z nazwą Instytutu. W 2008 Instytut przeniósł się do Domu Lekarskiego w Krakowie, na ul. Radziwiłłowskiej 4. W 2018 Instytut otrzymał nową siedzibę w nowo wyremontowanym budynku przy ul. Oleandry 2a.
Równocześnie z podpisaniem decyzji o utworzeniu Instytutu, także 29 września 2006 roku, rektorzy obu uczelni, prof. Hao Ping i prof. Karol Musioł podpisali porozumienie dotyczące wymiany akademickiej i współpracy naukowej. Zgodnie z umową, obydwie uczelnie będą prowadzić wymianę kadry dydaktycznej i naukowo-badawczej, wymianę studentów oraz materiałów dydaktycznych i informacji naukowych. Beiwai i UJ zamierzają wspólnie realizować projekty badawcze oraz wydawać publikacje naukowe i podręczniki dla studentów, a także organizować konferencje naukowe.