Dzięki późniejszym badaniom mikroskopowym wiadomo dziś, że sposób barwienia zależy od budowy ściany komórkowej – bakterie (G+) mają grubą ścianę mureinową, zaś bakterie (G-) cienką, ale za to występuje u nich podwójna błona komórkowa. Rozwój biologii molekularnej w XX i XXI wieku umożliwił bardziej precyzyjny podział prokariontów. Powstanie stosowanego do dziś systemu stało się możliwe dzięki badaniu podobieństwa sekwencji DNA (stopnia homologii) oraz obecności określonych enzymów i szlaków metabolicznych.
Podział systematyczny archeony eubakterie sinice (Cyanobacteria) promieniowce (Actinomycetes) krętki (Spirochaetae) Firmicutes protobakterie (Proteobacteria)
Występowanie i znaczenie Nie ma w zasadzie środowiska, w którym nie występowałyby jakieś organizmy prokariotyczne. Nie odstraszają ich gorące źródła ani głębinowe kominy hydrotermalne, wyrzucające wrzątek i związki siarki. Zasiedlają wszelkiego typu wody, glebę, a nawet ciała organizmów wyższych, spełniając ważne funkcje biologiczne i gospodarcze.