Bakterie glebowe i wodne, których liczba może przekraczać 3 miliony w 1 g gleby i 100 milionów w 1 g mułu dennego zbiornikówW 1 g powierzchniowej warstwy torfu można znaleźć do 700 milionów bakterii, najczęściej są saprofitami. W ekosystemach tworzą wraz z innymi organizmami poziom troficzny reducentów (przykładem mogą być tu liczne grupy promieniowców). Same są jednocześnie pożywieniem dla olbrzymiej ilości protistów, dlatego też biorą udział w krążeniu materii w ekosystemach, a także w obiegu pierwiastków w całej biosferze (np. węgla, azotu, wodoru, tlenu, siarki, fosforu i innych).
Prokarionty, które przeszły do życia wewnątrz innych organizmów wielokomórkowych i zachowały pierwotny, heterotroficzny sposób pożywiania, mogą być symbiontami, komensalami bądź pasożytami. Symbiotyczne prokarionty żyją wewnątrz innych organizmów, przy czym współżycie to jest obustronnie korzystne. Przykładem mogą być tu bakterie umożliwiające trawienie celulozy (m.in. rodzaj Bacteroides), żyjąc w żwaczu przeżuwaczy bądź w jelicie termitów (krętek Pillotina).