Lifting Podczas targów motoryzacyjnych w Paryżu w 2012 roku zaprezentowano wersję po modernizacji. Zmieniony został m.in. przód pojazdu w którym zastosowane zostały nowe reflektory zintegrowane ze światłami do jazdy dziennej, nową atrapę chłodnicy, zderzak oraz maskę silnika. Zmodyfikowana została także klapa bagażnika, tylne lampy oraz zderzak. We wnętrzu pojazdu zastosowana została nowa kierownica, a także poszerzono listy wyposażenia standardowego oraz opcjonalnego pojazdu. Jako pierwsza Škoda auto otrzymało tylną kamerę cofania. Wersje z napędem na cztery koła otrzymały sprzęgło Haldex 5. generacji. Auto występuje w wersji miejskiej oraz terenowej, która wyróżnia się plastikowymi nakładkami na nadwoziu.
Pojazd otrzymał tytuł Czeskiego Samochodu Roku 2010.
Škoda Yeti w latach 2013–2018 wytwarzana była także w Chinach w wariancie z przedłużonym rozstawem osi pod nazwą Yeti L.
Wersje wyposażeniowe Active Adventure Ambition Champion E Easy Edition - wersja specjalna Elegance Experience Fresh Laurin & Klement Monte Carlo S SE SE Plus Sochi Street - wersja limitowana Style Yeti Urban - wersja limitowana 750 sztuk przeznaczona na rynek Wielkiej Brytanii