Ukończył studia w 1937. W 1939 uzyskał stypendium Wystawy 1851, pozwalające mu na wyjazd na studia do Wielkiej Brytanii. Drugie stypendium w tym roku, uzyskała Rita Harradence. Oboje zdecydowali się na wyjazd na Uniwersytet Oksfordzki i pracę z zespole Roberta Robinsona, zajmującym się syntezą steroidów. W czasie II wojny światowej cały zespół włączył się w istotny z militarnego punktu widzenia, program badań nad peniciliną. W 1941 John Warcup Cornforth ożenił się z Ritą Harradence. W tym samym roku obydwoje uzyskali stopień doktora.
W 1946 John Cornforth rozpoczął pracę w National Institute for Medical Research, mieszczącym się początkowo w Hampstead, a następnie w Mill Hill. Tam powrócił do badań nad steroidami. W 1951 opracował, równocześnie z Robertem Woodwardem, pierwszą syntezę totalną steroidów niearomatycznych. W tym czasie nawiązał współpracę z biochemikiem George'em Popjákiem, który pracował nad biosyntezą cholesterolu.