Jego bezkompromisowość stała się jedną z przyczyn wynikłej później wojny domowej boshin.
W trakcie wojny boshin Saigō dowodził cesarskimi siłami podczas bitwy pod Toba-Fushimi, po czym poprowadził cesarskie wojska na Edo, gdzie przyjął kapitulację zamku Edo od Kaishū Katsu.
Okres Meiji Choć Toshimichi Ōkubo (1831–1878) i wielu innych było bardziej aktywnych i miało większy wpływ na ustanowienie nowego rządu Meiji, rola Saigō pozostała kluczowa, a jego współpraca była niezbędna przy obaleniu systemu han oraz ustanowieniu poborowej armii. Mimo skromnego pochodzenia, w 1871 powierzono mu nadzór nad rządem tymczasowym, ustanowionym podczas misji dyplomatycznej, na której czele stał Tomomi Iwakura (1825–1883).
Saigō początkowo nie zgadzał się na modernizację Japonii i rozpoczęcie handlu z Zachodem. Znany był jego sprzeciw wobec budowy kolei. Domagał się, aby pieniądze przeznaczone na ten cel były raczej wykorzystane na modernizację wojska.