Hisamitsu w końcu ułaskawił Saigō w 1864 i wysłał go do Kioto, aby zajął się interesami Satsumy na dworze cesarza.
Restauracja Meiji thumb|200px|Saigō (w zachodnim mundurze, siedzi) ze swoimi oficerami Po objęciu dowództwa nad oddziałami Satsumy w Kioto, Saigō szybko zawiązał sojusz z samurajami z Aizu przeciwko siłom rywali z Chōshū i zapobiegł przejęciu przez nich kontroli nad Pałacem Cesarskim. W sierpniu 1864 roku Saigō był jednym z dowódców karnej ekspedycji wysłanej przez Tokugawów przeciw Chōshū, jednak w tajemnicy prowadził on negocjacje z przywódcami Chōshū, co później doprowadziło do zawiązania sojuszu Satchō. Gdy siogunat wysłał kolejną ekspedycję przeciw Chōshū, Satsuma pozostała bezstronna.
W listopadzie 1867 siogun Yoshinobu Tokugawa zrzekł się swego tytułu, oddając władzę w ręce cesarza. Wydarzenie to znane jest jako restauracja Meiji. Saigō był jednym z największych przeciwników wynegocjowanego rozwiązania. Domagał się on pozbawienia Tokugawów ziem i wyjątkowego statusu.